2003년 설립돼 ‘향토사의 조사연구 및 사료의 수집보관’, ‘파주지역 고유문화의계발, 보존, 전승 및 선양’ 등의 사업을 수행해 온 파주문화원 부설 파주향토문화연구소의 명칭을 파주학연구소로 변경하고 2024년 6월 30일 새롭게 출범했다.
파주학연구소는 향토문화를 전통적인 시각에서만 바라보는 한계를 넘어, 지역의 문화현상을 과거, 현재, 미래의 시각에서 입체적으로 바라보고, 다양한 범주의 통합적 관점에서 연구하고자 하는 인식의 전환을 위한 변화이다.
연구소에서는 매년 연구위원들의 성과를 모은 책 「파주연구」를 발간하고 있으며, 다양한 테마의 연구활동을 통해 파주의 정체성을 밝히고 있다.

율곡 이이 선생의 생애와 사상을 연구하고, 이를 기반으로 하는 콘텐츠를 개발해 국내는 물론 세계에 보급하는 사업을 펼치고 있다. 정식 명칭은 「율곡학 콘텐츠 개발과 국제화 사업단」 이다.
율곡의 본향인 파주에 율곡학 관련 전문가 집단을 유치하고, 율곡학 사업의 전문성을 확보하기 위해 2021년 7월 파주문화원 부설기관이 되었다.
‘율곡학 콘텐츠 개발과 국제적 확산 사업’을 통해, ① 스토리텔링 자료 발굴·정리 및 콘텐츠 제작, ② 율곡학 동영상 콘텐츠 제작 및 활용, ③ 율곡학 홍보교재 개발 및 배포, ④ 한국유교레포트 발간(한글본, 영문본, 중문본) 등의 사업을 문화관광체육부의 지원을 받아 진행하고 있다.

파주문화원 해설사회는 시민들과 파주를 방문하는 관광객들에게 파주에 대한 정보제공과 문화유산 해설을 지원하고자 2005년 설립되었다.
파주문화유산 답사를 위한 프로그램 기획과 해설, 문화원 주요사업 참여, 학생 교육 프로그램 지원, 기타 문화 관련 다양한 활동을 펼치고 있다.

파주문화원에서는 우리지역을 대표하는 대선현이신 율곡이이(栗谷 李珥) 선생을 모신 자운서원을 파주시로부터 수탁받아 운영하고 있습니다. 자운서원에서는 율곡 선생의 위패를 모신 서원과 선생과 선생의 어머니 신사임당을 비롯한 가족묘가 있으며, 수려한 경치로 인해 많은 관람객들이 다녀가고 있는 파주시의 대표적인 문화유적지입니다.

‘황희선생유적지’는 조선시대를 대표하는 청백리로 우리 고장의 자랑이신 방촌 황희 정승의 영정을 모신 방촌영당과 낙향 후 갈매기를 벗삼아 노년을 보내시던 반구정을 포함하고 있습니다. 파주문화원에서는 2004년 6월부터 파주시로부터 황희선생유적지를 수탁받아 운영하고 있습니다.